Hlavní expozice na ženské galerii synagogy je věnována spolužití Čechů, Němců a Židů na Šumavě. Návštěvníci se tu seznámí s fakty o životě Šumavanů. Expozice se nevyhýbá tématům, která jsou v jiných muzeích opomíjena - jako jsou vztahy mezi Čechy, Němci a Židy až po Druhou světovou válku, šoa a nucené vystěhování německých obyvatel ze Šumavy.

S předchozím tématem úzce souvisí výstava věnující se šumavským vesnicím zlikvidovaným komunistickým režimem po roce 1948. V hlavním sále synagogy nalezne návštěvník devět dvojfotografií dnes již neexistujících vesnic a mapu s vyznačením jejich poloh.

V podkroví synagogy shlédnou návštěvníci dvě výstavy. Jednak je tu výběr Šumava na starých fotografiích ze sbírky Pavla Scheuflera a jednak tu je obsáhlá dokumentace týkající se historie unikátní Horské synagogy Hartmanice.

Synagoga v Hartmanicích je jedinou nově zrekonstruovanou synagogou v oblasti Šumavy a Českého lesa z původních více než šedesáti v této oblasti se nalézajících synagog a modliteben. Je nejvýše položenou synagogou v Čechách a na Moravě a možná ve střední Evropě.